"Sjukdomar sover inte, och det gör inte House heller."
Under den andra säsongen ökar spänningarna mellan doktor House och hans team (Chase, Cameron och Foreman) när fallen blir allt mer komplicerade. Säsongen fördjupar porträtteringen av House och hans förflutna, särskilt hans relation med sin tidigare livspartner Stacy Warner (Sela Ward). Samtidigt följer vi Houses ständiga kamp mot kronisk smärta och Vicodinberoende.
