Kun Enterprise-aluksen miehistö kutsutaan takaisin kotiin, he huomaavat pysäyttämättömän kauhun voiman iskeneen Tähtilaivaston sydämeen. Kapteeni James T. Kirk (Chris Pine) ryhtyy jahtiin sota-alueelle löytääkseen yhden miehen joukkotuhoaseen (Benedict Cumberbatch), jolla on henkilökohtainen tili selvitettävänä.
Kirk, Spock ja muu miehistö joutuvat peliin, jossa elämä ja kuolema ovat hiuskarvan varassa. Rakkaus koetellaan, ystävyyssuhteet repeilevät ja uhrauksia on tehtävä ainoan perheen puolesta, joka Kirkillä on jäljellä: hänen miehistönsä. Into Darkness on intensiivinen, visuaalisesti häikäisevä ja emotionaalisesti latautunut matka pimeyden ytimeen.
