Da mannskapet på Enterprise blir kalt hjem, oppdager de at en ustoppelig terror har rammet hjertet av Stjerneflåten. Kaptein James T. Kirk (Chris Pine) setter kursen mot en krigssone for å finne et masseødeleggelsesvåpen i form av én mann (Benedict Cumberbatch), som har en personlig konto å gjøre opp.
Kirk, Spock og resten av mannskapet blir trukket inn i et spill der liv og død balanserer på en knivsegg. Kjærligheten settes på prøve, vennskap rakner, og ofre må bringes for den eneste familien Kirk har igjen: mannskapet hans. Into Darkness er en intens, visuelt blendende og følelsesladet reise inn i mørkets hjerte.
