Kui tähelaeva Enterprise’i meeskond kutsutakse tagasi koju, avastavad nad, et peatamatu õuduse jõud on tabanud Tähelaevastiku südant. Kapten James T. Kirk (Chris Pine) alustab sõjakoldes jahti, et leida üks mees, kes on massihävitusrelv (Benedict Cumberbatch) ja kellel on isiklik arve klaarida.
Kirk, Spock ja ülejäänud meeskond satuvad mängu, kus elu ja surm ripuvad juuksekarva otsas. Armastus pannakse proovile, sõprussuhted rebenevad ja ohvreid tuleb tuua ainsa perekonna nimel, kes Kirkil veel alles on: tema meeskonna nimel. Pimedusse on intensiivne, visuaalselt rabav ja emotsionaalselt laetud teekond pimeduse südamesse.
